Fisica Biologica Computazionale

Usiamo tecniche di simulazione di dinamica molecolare per studiare sistemi biologici anche complessi sia in solvente esplicito che implicito, per capire le basi fisiche di processi quali l'associazione fra macromolecole, i cambiamenti conformazionali e l'interazione con piccole molecole, e a piu' alto livello, per capire l'impatto di mutazioni genetiche su questi processi.
Siamo interessati alla termodinamica dei processi biologici studiata mediante simulazioni molecolari, e in particolare ai cambiamenti di energia libera e di entropia legati ai cambiamenti conformazionali ed alla solvatazione.
Per fare questo abbiamo sviluppato metodi di solvente implicito per lo studio dell'elettrostatica basati sull'equazione di Poisson-Boltzmann e sul modello di Born generalizzato. 
Per l'entropia usiamo il metodo del k-th nearest neighbour, che abbiamo sviluppato in particolare per il trattamento di traslazioni-rotazioni di una e due molecole. Attualmente la ricerca e' rivolta alla stima delle variazioni di energia libera  ed in particolare dell'entropia in processi biologici analizzando i soli ensemble termodinamici dello stato inziale e di quello finale dei processi.